Hej Lina,
om du med "naturbasåret" menar studier på högskolenivå eller på en folkhögskola, då är svar på din fråga Ja. Betygen du får i basåret på högskola-universitet påverkar inte ditt meritvärde från gymnasiet. Och inte heller studieomdöme du får på en folkhögskola, det påverkar inte heller ditt meritvärde som räknas ut på betygen du har i ditt examensbevis. 
Men om du läser naturvetenskapligt  basår eller någon annan typ av "basår" på komvux, där basår också kan erbjudas (i alla fall i vissa kommuner) då är det vanliga gymnasiala kurser och betygen i fysik2, kemi2, biologi2 och matematik4 kommer räknas in i ditt jämförelsetal (därför att de kurserna krävs för särskild behörighet till tandläkarprogrammet). 
På komvux kan man sätta ihop kurserna i de så kallade "basår", vilket gör att det schemakrockar undviks. Annars kan lektionerna i t.ex fysik 1a och matematik 4 ligga på samma tider, och en studerande kan ju inte klona sig och finnas i två olika klassrum samtidigt. :)
Och om du kommer ha matte 3b som U-kurs i ditt examensbevis, då räknas det betyget in endast om den kursen krävs för särskild behörighet, t.ex om du kommer att söka till utbildningar som leder till yrken Fastighetsmäklare eller Civilekonom, eller om den kursen ger dig meritpoäng och den gör ju inte det vid ansökan till tandläkarprogrammet, så det betyget kommer ej räknas in. Du behöver dock uppvisa godkänt betyg i matte 3 (3b eller 3c) om du söker kurs matematik 4 på komvux eller på en folkhögskola. Basåren på universiteten kan kräva matte 3 eller matte 2 (olika vad gäller basåret på olika lärosäten).