Hej,

teoretiskt sett, så kan det "fixas" på så sätt att skolans rektor kan fatta beslut om att låta eleven läsa utökat program med utökning på 100p. där moderna språk 3 sätta i Individuellt studierupplägg som U-kurs (utökat program) och som en kurs i moderna språk som är obligatorisk för EK sätter man i så fall moderna språk 1 (nybörjarkurs i ett annat språk) eller - om eleven har ett annat modersmål än svenska - så kan en av kurserna i ämnet Modersmål ersätta den obligatoriska kursen i ämnet moderna språk. Men det är inte elevens rättighet.
Rektorn kan säga Nej. Det är dyrt att ge mer undervisning än vad skolan är skyldig att ge. Det är också påfrestande för eleven att läsa en extra-kurs, alltså läsa på mer än heltid; och det är även en "rättvisefråga" på det sättet att alla elever på den skolan som fick F i någon kurs borde i så fall ha rätt att läsa en annan kurs och sätta F-kursen som U-kurs i sitt examensbevis för att slippa sänkning av sitt snittbetyg. Det kan snabbt bli väldigt dyrt för skolan. 
Eftersom F i en kurs i ämnet moderna språk får ingå i examensbevis och skolans uppgift är att ge plats på kurserna så att eleven får läsa kurser som krävs för att uppfylla kraven för examensbevis, så är inte det skolans skyldighet att fixa så att eleven ska slippa sänkning av sitt meritvärde. 
Jag tänker också på följande: finns det en realistisk prognos på att eleven kommer uppfylla alla krav och få ut examensbevis i slutet av "trean"? Om inte, då får eleven ett Studiebevis (som inte ger grundläggande behörighet) som hen kan - på komvux - komplettera upp till examensbevis; på komvux behöver inga kurser i ämnet moderna språk ingå i examensbevis. 
Ett annat sätt kan vara att efter gymnasiet söka till folkhögskolornas allmänna kurser där eleven kan läsa mot ett studieomdöme om grundläggande behörighet, där det är frivilligt att läsa moderna språk (precis som på komvux). Med studieomdöme från en folkhögskola prövas eleven i BF-urvalet om hen söker till en svensk högskoleutbildning. 
Till allmänna kurser på folkhögskolorna får eleven bli antagen tidigast till den terminen under vilken hen fyller 18 år. Eleven kan söka till folkhögskolorna och se om hen kommer in (det går alltid tacka nej till erbjuden studieplats) och den ansökan behöver inte påverka elevens nuvarande studier på gymnasiet. 
Tips! eleven kan påbörja läsa år2 på gymnasiet "som vanligt" och se hur studierna går. Om studierna går bra och det verkar som att hen kommer kunna uppfylla kraven för examensbevis och direkt efter gymnasiet ha grundläggande behörighet, då kanske det är läge att ansöka (hos rektorn) om att under år3 läsa utökat program för att kunna sätta Mod.språk3 som U-kurs i examensbeviset (så att det betyget ej räknas in). Jag tänker här på att det kanske är "onödigt" att ta upp frågan om utökat program för tidigt. Rektorn blir mer benägen att bevilja läsa utökat program om elevens studier går bra och hen har många godkända (och helst även Höga) betyg. 
Ännu något att tänka på:
titta gärna på ES-programmet där moderna språk ej ingår som obligatoriskt ämne; jag tänker nu främst på ES/inriktning Estetik och media som inte behöver (kursmässigt) skilja sig speciellt mycket från EK. Läser man matte 2b och 3b som valfria kurser på ES får man i princip samma högskolebehörighet som om man läst EK/ekonomi. I ES ingår inte moderna språk som obligatorisk ämne - det är det jag tänker på.
Det är möjligt att söka till år 1 på gymnasiet t o m det året som eleven fyller 19 år. Mitt råd är att söka inom omvalsperioden, via gymnasieantagningen. Man kan alltid tacka Nej till erbjuden studieplats. Ansökan behöver inte alls påverka nuvarande studier. Om eleven kommer in på t.ex ES/inriktning Estetik och media i år1 till hösten men kan uppvisa många godkända betyg från år1 på EK, borde hen bli uppflyttad till år2 och behöver inte spendera ett extraår inom gymnasiet. Viktigt att inte missa söka inom omvalsperioden - datumen är olika i olika delar av landet. Exempel: sista dag kan t.ex vara 2 maj eller 12 maj; man måste veta i vilken kommun eleven är folkbokförd för att kunna säga när sista dag att söka är. Kolla med gymnasieantagningen (där eleven sökte till gymnasiet förut). Som sagt, finns inga nackdelar i att lägga in en ansökan - både till år1 på ett nytt program på gymansiet och (om eleven är gammal nog redan nu) även till folkhögskolorna. Det är absolut OK att söka till andra utbildningar när man läser en utbildning. Får man en ny plats, kan man i så fall bestämma sig: stanna på sin nuvarande utbildning eller byta till en ny.
Hoppas mitt svar blir till hjälp!