Hej Stina,
vid ansökan till gymnasiet (som reglerna är nu, juni 2019) kan det där "extra"-betyget (17-de betyget) vara endast Moderna språk som lästes som Språkval;
av de övriga betyg (om de är fler än 16 stycken) väljer man de 16 st. högsta och det är då summan av de där 16 högsta betyg + betyget i moderna språk (språkval) som utgör Betygspoäng/meritvärde (en siffra) med vilken eleven konkurrerar om plats på gymnasiet.

***
Man får läsa samma språk som modersmål och som moderna språk, alltså din son får läsa spanska som modersmål och moderna språk (spanska) och få betyggen i de båda ämnena; det är Olika ämnen, trots att det är samma språk.

Om din son ej får A betyg i franska på våren i årskurs9, då "förlorar han" på att ej ha valt spanska som språkval (för att i spanskan kan han, troligtvis, få högsta betygen - A - gissar jag på).
Å andra sidan är det, som du skriver, tråkigt för honom att börja läsa med nybörjare. Och så, givetvis, är det bra att kunna ännu ett språk (i detta fall - franska).

Fråga på elevens skola: skulle det vara möjligt för din son att ansluta sig för språkval till en spanska-gruppen av elever i t.ex årskurs 8 (schema-mässigt) och om rektorn och spåkläraren "går med" på det.
***
Ännu ett alternativ är att läsa franska som språkval och fortsätta med spanska som modersmål och försöka under årskurs 9 göra Prövning i Moderna språk (spanska) och få ännu ett betyg. Det betyget kommer inte kunna räknas in som 17-de (extra) betyget, men det kommer ingå bland "de övriga betyg" och om din son får högre betyg på prövningen i spanska än ngt. ananat av hans betyg /ex. musik, gympa eller hemkunskap/ - då kommer det högre betyget "ersätta" hans sämska betyg - och på så sätt får han högre Betygspoäng/Mtv att konkurrera om gymnasieplats med.

***
På gymnasiet finns 7 kurser i Moderna språk: från Nybörjarkurs, steg 1 till och med steg 7 (kursen heter Moderna språk 7). Men det är mycket ovanligt att kunna läsa högre kurs än Moderna språk5 på en gymnasieskola (detta pga oftast är det endast en elev som vill göra det och språkgruppen måste bestå av fler elever, för att det ska gå ihop ekonomiskt sett).

Inom ämnet Modersmål finns det 3 kurser:
Modersmål1
Modersmål2
Aktiv tvåspråkighet.

Vilka av kurserna (ovan) som just din sons gymnasieskola ska kunna erbjuda läsa - kan vi inte på förhand veta.
I Modersmål beror möjligheterna både på antal elever som vill läsa just det modersmålet + att lärare finns. Numera är det endast legitimerade lärare som får sätta betyg (och det är olika behörighet för lärare i moderna språk och i modersmål, även om det är samma språk - och om ingen lärare finns som får sätta betyg, kan du inte undervisning erbjudas, tyvärr). Det är, tråkigt nog, lärarbrist.
***
Sammanfattning
Det är mycket bra att kunna flera språk. Å andra sidan, om valet står mellan att kunna fler språk "lite grand" eller färre språk Mycket bra - då kanske man vinner på att kunna färre språk Mycket bra!
Diskutera också med SYV på elevens skola och med lärare i spanska och franska, är mitt råd.

Hänvisningar/lästips:
framtid.se/yrke/sprakyrken
fragasyv.se/info/sprak
gymnasieguiden.se/informeras/raekna-ut-ditt-meritvaerde

Vänligen
ANNA