Hej Ajdin,
reglerna kring den frågan som du stället är mycket krångliga! :(
Jag ska försöka förklara hur de ser ut:
I Naturvet.programmet (NA) ingår En kurs inom ämnet Moderna språk i Programgemensamma ämnen och med det är obligatorisk. Men man får läsa flera kurser i moderna språk - både inom programfördjupning (vilket man kan se i Programplanen för NA), , inom individuellt val eller som utökat program. I din individuella studieplan bör framgå inom vilka kategorier som dina två kurser, som du frågar om, läses. 

Om en av kurserna är en U-kurs, utökad (enligt rektors beslut, alltså om du fick läsa utökat program, vilket är ett undantag och måste beviljas av rektorn), då kommer betyget i den U-kursen räknas in i ditt jämförelsetal endast i fall den krävs för särskild behörighet eller om den ger meritpoäng. I andra fall räknas inte betygen i U-kurserna in. 
Det är inte många svenska högskoleutbildningar som för särskild behörighet kräver betyg i moderna språk 3, men de ändå finns, t.ex om man vill bli språklärare eller om programmet på universitetet har internationell inriktning.

Det är 2 olika situationer:
--- Om du läser "på vanligt sätt", ej på mer än heltid, alltså inte läser ett utökat program - då kommer båda betygen räknas in.
...men
--- Om du läser "på ett Ovanligt sätt", alltså ett Utökat program, se i så fall vilken av kurserna som i din individuella studieplan som är inskriven som utökad kurs. I så fall kommer betyget i den kursen som är en "vanlig kurs" räknas in, oavsett vilket betyg det blir och betyget i en U-kurs kommer räknas in om du söker till högskoleutbildning där moderna språk 3 (just det språket, dessutom) krävs eller om betyget blir högre än snittet av dina övriga betyg i examensbeviset (för att i så fall får Antagning.se räkna in det betyget eftersom moderna språk 3 ger "i princip" meritpoäng, även om du redan fick meritpoäng för ett annat språk steg 3...). 

Alltså, finns flera olika situationer om hur betygen kommer räknas in och mycket beroende på om det finns rektorns beslut för dig om att du får läsa ett utökat program eller inte.

Att eleverna i efterhand, när betygen är satta skulle få välja vilka betyg som ska räknas in - bör inte förkomma. Det går enligt skolverkets rekommendationer. Vi på FRåGA SYV har dock hört att ibland har det tidigare förekommit att eleverna som läste Utökat program och med det fick betygen i fler kurser än det som är obligatoriskt fick i slutet av år3 på gymnasiet en fråga om vilka kurser de vill ska stå som "U-kurser" i deras examensbevis. Men skolverket säger att kurserna bör på förhand, innan de påbörjas, stå i elevens individuella studieplan inom rätt kategori och att examensbeviset bör sedan utfärdas enligt elevens studieplan, som inte får revideras i efterhand.
Du går gärna visa mitt svar både till rektorn och till SYV på din skola. 

Hoppas mitt svar blir till hjälp för dig. 
Hälsningar
Mikael