Hej Malik,
det är rätt stor skillnad - om man läser på gymnasiet eller på komvux, mot examensbevis. Det är friare vilka kurser som får ingå - på Komvux, jämfört med gymnasiet.
Oavsett var man läser, är det rektor som är ytterst ansvarig men ansvar för detaljplanering är ofta delegerat till studie- och yrkesvägledare (SYV) på samma "skola", men vid svårare frågor går det tillbaka till rektorn.
Reglerna är många och komplicerade. Även det att "kurserna som ingår i samma examensbevis får inte i väsentlig del överlappa varandra". T.ex om Fysik, kemi och/eller biologi ingår då får inte kurser i naturkunskap ingå (och tvärtom) men rektor kan göra bedömning att det är OK att t.ex Biologi1 och Naturkunskap 2 ingår i samma examensbevis samtidigt (överlappning finns men den är liten, alltså ej väsentlig), men om även fysik1a ska ingå också, då är överlappning större och det borde i så fall bli Nej (i alla fall enligt min bedömning).
Att hänvisa till en fullständig lista som skulle gälla i alla de olika situationerna på kurser som ej får ingå i examensbevis går därför, enligt min uppfattning, inte. Du får gärna skicka en snabblänk till info som du nämner i din fråga - en fil som du skriver finns på skolverkets hemsida. Du kan också kontakta skolverket, 08-527 33200.
Om din fråga gäller läsa mot examensbevis från gymnasieskolan, så finns någonting som heter Rektors beslut om Individuellt anpassat program. Det beslutet måste fattas innan eleven går ut årskurs 2. I det beslutet framgår vilka kurser (även obligatoriska) som byts mot andra kurser. De kurser som ej får bytas ut är de som ingår under programmets Gymnasiegemensamma ämnen (med undantag av matematik 1 - på nivå 1 får mattekurserna bytas fritt för varandra och för det krävs inte rektors beslut ens).

Kraven för examensbevis från gymnasieskolan - se bl.a gymnasieguiden.se/informeras/vad-kraevs-foer-att-uppna-gymnasieexamen
och vad gäller Komvux så är det något friare och från 1 juli 2021 planeras ännu en förändring som kommer göra det ännu lite friare vilka kurser som får ingå i exam.bevis från komvux.

Allmänt gäller
Urval (vilka kurser som kan erbjudas) av kurser är begränsat (både genom vilka kurser som får ingå i examensbevis) men ännu mer genom vilka kurser som enskild skola (eller komvux) kan erbjuda läsa. Det finns ett antal regler men också kan undantag beviljas (ibland).
För att ge någon sort konkret rekommendation måste man ha mycket information om elevens studiebakgrund: se framför sig alla de betygen eleven redan har + bra att veta vad eleven "siktar på" alltså vilken högre utbildning hen vill komma in på (eller vilket yrke hen vill arbeta inom, i framtiden).

Hej! På Skolverkets webbplats (ditt du länkade) står det bl.a följande:

... det är upp till rektor att kontrollera gällande bestämmelser.

Kurser som inte får ges och/eller inte får ingå i en examen på komvux, gymnasial nivå (excel, 24 kB).

Jag antar att du är inte rektor på komvux, och jag råder dig därför vända dig på rektorn, som är ytterst ansvarig. Rektorn kan vända sig till de sakkunniga (experter), vid behov.

Obs! Från 1 juli 2021 planeras en förändring som kommer tillåta fler kurser (mer flexibelt blir det) ingå i examensbevis från komvux.