Hej Matilda,
som regel (alltså nästan alltid) funkar det så att i fall dina meriter inte räckte för plats på utbildningen på högskolenivå, så ses ditt andrahands val som ditt förstahandsval och du prövas till det alternativet som om det var ditt första, högst prioriterat alternativ och du konkurrerar om plats i de urvalsgrupperna där du har kvalificerat dig (med resultat från högskoleprovet - i HP-urvalet, med meritvärde på gymnasiala betyg - i BI och/eller i BII). Dock ställs du i RESERV till dina högre prioriterade alternativ (men antal högskolepoäng som man kan stå i reserv för är begränsat - så man inte alltid kan ställas i reserv till alla de utbildningsalternativen som man prioriterade högt; men det är ganska många heltidsutbildningar som man kan stå i reserv för ändå... så det brukar inte vara något större problem). 
I undantagsfall, om utbildningen införde även AU-urvalsgrupp (alternativt urval, vilket sker sällan) och du gör ansökan i det speciella urvalsgruppen (om den finns för din utbildning), kan kravet ställas att man söker just den utbildning på just det lärosäte som sitt första alternativ - och i annat fall så prövas man inte i just AU-urvalet. Det är, som sagt, ett undantag. De är få utbildningar som öppnar för AU-urval. Man kan behöva söka tidigare än den vanliga anmälningsperioden, man kan behöva skriva ett personligt brev (som kan kallas för Levnadsbeskrivning), och de utvalda kan kallas till tester och intervjuer och de som efter allt detta fortfarande är utvalda, konkurrerar i den gruppen. 
Om du söker på "vanligt sätt" alltså inte i AU-urvalet, då bör du sätta som ditt första, högstprioriterat alternativ den utbildning som är din favorit, där du helst av allt vill komma in på!
Allmän information om AU-urvalet (en sammanfattning/förklaring) kan du läsa på https://www.fragasyv.se/info/alternativ-antagning-hogskola